蒸気の魔女エイダ博士の失踪から一年、世界最大の蒸気機関Wells(ウェルズ)を持つアウルム帝国はメタレイア合衆国との戦争を続けており、国民は疲弊する一方であった。

そんな中、エイダとカミーリャは帝国軍の持つWellsを破壊するべくレジスタンス“魔女の弟子”を結成し、
やがて帝国軍とメタレイア軍との三つ巴の戦いに巻き込まれていく。
新たに魔女の弟子のメンバーとなったアルバとステラ。
二人は戦いの中、自らの運命と向き合い明日を切り拓いていく。

“我々は、全ての戦争に宣戦布告する”